Фамилия Перекупнев образована от прозвища Перекупень. В основе — глагол «перекупать» (покупать для перепродажи). В старину перекупнем называли мелкого торговца, скупщика, который скупал товар у производителей и перепродавал его на рынке с наценкой. Прозвище давали не просто торговцу, а человеку, который «перехватывал» товар, не давая прямого хода от крестьянина к покупателю. Отношение к таким людям было двойственным: с одной стороны, без перекупней не обходился ни один базар, с другой — их часто считали хитрецами, наживающимися на чужом труде.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Перекупнев буквально значит «сын Перекупня» или «из семьи Перекупня». Модель образования типична для русских фамилий, сложившихся в XVI–XVII веках, когда прозвище отца закреплялось за детьми как наследственное имя. Интересно, что фамилия сохранила именно форму «Перекупнев», а не, скажем, «Перекупов» или «Перекупкин», — это указывает на то, что прозвище бытовало в форме существительного мужского рода с мягкой основой (Перекупень), а не с твёрдой (Перекуп).

Встречается фамилия преимущественно в южнорусских и поволжских регионах — там, где были развиты ярмарки и базарная торговля. В словарях русских фамилий Перекупнев не входит в число распространённых, но и не является редкой: она фиксируется в документах XVII–XVIII веков среди посадских людей и крестьян. Родственные фамилии — Перекупов, Перекупщиков, Купцов — образуют гнездо, связанное с торговлей, но Перекупнев стоит особняком, так как прямо называет не занятие, а конкретное прозвище, в котором слышен упрёк или ирония.

Правдоподобнее всего, что предок носителя фамилии был мелким перекупщиком на местном рынке, возможно, торговал хлебом, скотом или рыбой. В отличие от купца, перекупень не имел лавки и капитала — он работал «с рук», с лотка или с воза. Со временем прозвище утратило негативный оттенок и закрепилось как фамилия, а потомки разошлись по разным сословиям, забыв о базарном происхождении своего родового имени.