Фамилия Переперденко — редкий образец украинской модели фамилии, образованной от глагольной основы с помощью суффикса -енко. В украинской ономастике суффикс -енко указывал на происхождение по отцу («сын такого-то»), но в случае с Переперденко основа не имя, а прозвище или действие.

Корень фамилии — «переперд-», связанный с глаголом «перепердеть» (издать звук, обычно с оттенком неожиданности или чрезмерности). Это не медицинский или грубый термин в бытовом смысле, а скорее прозвище, которое давали человеку с заметной особенностью — возможно, за шумное пищеварение или за манеру вести себя неожиданно. В народной культуре такие прозвища не считались оскорбительными: они фиксировали яркую черту, отличавшую человека в деревне или ремесленной среде.

Словообразовательная модель типична для украинских фамилий XIX века: основа глагола в форме прошедшего времени (переперд-ев) + суффикс -енко. Сравните с фамилиями Перепелко (от «перепел»), Перебийніс (от «перебий ніс»), где основа — целое выражение. В случае Переперденко основа — глагол, что встречается реже, но не уникально: есть фамилии Наперенко, Сопенко, Хропенко.

Географически фамилия могла возникнуть на Левобережной Украине или в Слобожанщине, где суффикс -енко особенно распространён, а прозвища часто строились на бытовых наблюдениях. В документах XIX — начала XX века такую фамилию могли записать по принципу «как слышится, так и пишется», поэтому варианты вроде Переперденко или Перепердченко возможны, но основная форма сохранила глагольную основу.

Носители фамилии — вероятно, потомки крестьян или казаков, получивших прозвище за какую-то шумную или неловкую ситуацию. Никакого дворянского или духовного происхождения за ней не стоит: это простонародная фамилия, которая через поколения потеряла первоначальный комический оттенок и стала обычным родовым именем.