Фамилия Пертия — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Скорее всего, перед нами не русская, а западноевропейская или прибалтийская фамилия, которая попала в русский контекст через миграцию или исторические процессы. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, она не заканчивается на -ов, -ев, -ин или -ский, что сразу указывает на иноязычную основу.

Самая вероятная версия — грузинское происхождение. В грузинском языке фамилии часто образуются суффиксами -ия, -ая, -уа. «Пертия» может быть русифицированной формой от грузинской фамилии «Пертиа» или «Пертишвили». В таком случае корень, возможно, связан с грузинским словом «перти» — так в некоторых регионах называли вид дикой груши или, в переносном смысле, крепкого, коренастого человека. Если это так, то предок носителя фамилии мог быть выходцем из Западной Грузии (Имеретия, Гурия), где такие фамилии встречаются чаще.

Менее распространённая, но возможная версия — происхождение от латинского корня peritus («опытный», «искусный»). В этом случае фамилия могла возникнуть в среде польской или украинской шляхты, где латинизированные прозвища иногда давали учёным людям или ремесленникам. Однако такая этимология спорна, поскольку прямых фамилий «Пертия» в польских гербовниках не зафиксировано.

Третья, совсем редкая гипотеза — топонимическая. В Финляндии и Эстонии есть топонимы вроде «Пертти» (от имени Пертти — местная форма имени Бартоломей). Фамилия могла возникнуть как указание на место жительства («из Пертии»), но для этого она должна была пройти долгий путь адаптации.

В русском контексте фамилия Пертия — почти наверняка недавнее заимствование. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках она практически не встречается, что говорит о её появлении в России не ранее конца XIX — начала XX века. Сословная принадлежность носителей могла быть разной: от грузинских дворян до крестьян-переселенцев. Сегодня фамилия остаётся крайне редкой, и её носители, скорее всего, могут проследить свои корни до Кавказа или, с меньшей вероятностью, до Прибалтики.