Фамилия Пешехонцева — одна из тех, что сразу отсылает к занятию или привычке предка. В основе лежит прозвище Пешехонец, а оно, в свою очередь, образовано от двух слов: «пеший» (идущий ногами) и «хоня» — старого диалектного слова, означавшего «неуклюжий, медлительный, нерасторопный человек». Соединение даёт выразительную картину: «пеший хоня», то есть человек, который ходит медленно, тяжело, возможно, вразвалку. Такое прозвище могли дать тому, кто не отличался быстротой в работе или в пути.

Суффикс -цев- указывает на принадлежность. Фамилии на -цев/-цов обычно образовывались от прозвищ или названий людей по месту жительства (как Ростовцев — выходец из Ростова), но здесь основа — не топоним, а личная характеристика. Сначала появилось прозвище Пешехонец, затем — фамилия Пешехонцев, а форма Пешехонцева — женская или принадлежащая потомкам по женской линии.

Менее вероятно, но стоит упомянуть версию, что «хоня» могло быть вариантом слова «хонь» в значении «опрятный, щеголеватый» — тогда смысл меняется на противоположный: «пеший щёголь». Однако диалектное «хоня» в значении «неряха» встречается чаще и фиксируется в говорах северных и центральных областей России. Поэтому первая трактовка надёжнее.

Фамилия редкая и явно не дворянская. В крестьянской среде прозвища, описывающие манеру ходьбы или поведения, были обычным делом: их давали соседи, и они закреплялись за родом. Владелец фамилии Пешехонцева мог происходить из семьи, где предок славился своей медлительностью — не пороком, а скорее характерной чертой, которая запомнилась окружающим.