Фамилию Петрашишин стоит разбирать, отталкиваясь от её финала — суффикса «-ин». В русских фамилиях он указывает на принадлежность: «чей?» — Петрашишин, то есть сын или потомок Петрашиши. А сам Петрашиша — это разговорная, обиходная форма мужского крестильного имени Пётр. Такие «домашние» варианты (Петраша, Петруша, Петраня) в старину были обычным делом: официальное имя использовали в церкви и при документах, а в быту — его производные. Суффикс «-иш-» в основе придаёт оттенок ласкательности или уменьшительности, как в словах «братишка» или «сынишка». Таким образом, Петрашишин буквально значит «внук или сын того, кого в семье звали Петрашишей».

Географически фамилия тяготеет к западнорусским и украинским землям, где суффикс «-ишин» (в варианте «-ишин» или «-ышин») встречается особенно часто. В центральной России больше распространены «-ов» и «-ев», а вот в Черниговской, Гродненской, Волынской губерниях фамилии на «-ин» от имён на -а, -я — обычное дело. Поэтому предки Петрашишиных с высокой вероятностью жили на территории современной Украины или Беларуси, в пограничье с Польшей. Модель словообразования здесь та же, что у фамилий Ильин (от Илья), Никитин (от Никита) или, скажем, Фомин (от Фома), но с двойным суффиксом — сначала «-иш-», потом «-ин-».

Вероятно, основатель рода был крестьянином или мещанином — в дворянских фамилиях такая «домашняя» форма встречается реже, там предпочитали книжные варианты. Фамилия не метит в древние боярские роды, зато честно рассказывает о бытовом укладе: в деревне человека звали не по паспорту, а по семейному прозвищу, и Пётр, скорее всего, был не один, а чтобы отличить его от соседского Петра, говорили «Петрашиша сын» или «Петрашишины». Со временем прозвище закрепилось и передалось детям уже как фамилия.

Других версий происхождения (например, от географического названия или профессии) для «Петрашишин» нет: корень прозрачно указывает на имя Пётр, а остальное — дело диалектной огласовки. В написании возможны варианты «Петрашишин» и «Петрашишен» (в белорусском произношении), но в русской орфографии закрепился первый, с «и» под ударением.