Фамилия Петручени — редкий случай, когда географический и языковой след важнее, чем попытка найти прямой корень в русском имени. На первый взгляд хочется разложить её на «Петр» и суффикс «-учени», но это ошибка. В русской ономастике нет продуктивной модели образования фамилий через суффикс «-учени». Зато он характерен для румынского и молдавского ареала, где суффикс «-eni» указывает на принадлежность к роду или местности. Петручени — это либо «потомки Петра» (по аналогии с молдавскими фамилиями типа Кожокарь, Рошка), либо жители села Петручени — такие топонимические фамилии встречаются в Молдове и на западе Украины.

Основа «Петру» — это уменьшительная форма от имени Пётр, распространённая у восточных романских народов. В молдавском языке «Петру» звучит как самостоятельное имя, а не как русское «Петя». Фамилия, скорее всего, закрепилась в XIX веке, когда крестьянам Бессарабии массово давали фамилии по имени отца или по названию деревни. Если предок жил в селе Петручени (такое реально существует в Молдове, в Оргеевском районе), то фамилия могла появиться как указание на место рождения.

Написание через «е» в конце («Петручени», а не «Петручаны») — это калька с румынского написания Petruceni. В русских документах XIX века такую фамилию могли записать на слух, отсюда и вариант с «и». Среди носителей фамилии встречаются люди из Молдовы, Украины (особенно Одесская и Черновицкая области) и потомки бессарабских переселенцев на Кубани и в Сибири. В России фамилия редкая, её не стоит путать с русскими фамилиями на «-ин» (Петрухин, Петрушин) — механизм образования у них совсем другой.

Если ваш предок носил фамилию Петручени, он почти наверняка был выходцем из молдавской или румынской среды, либо из зоны смешанного украинско-молдавского пограничья. Вариант происхождения от прозвища «Петруча» (белорусское или украинское обращение к Петру) маловероятен: суффикс «-ени» для восточнославянских фамилий нехарактерен, в отличие от «-енко» или «-ук».