Фамилия Петруников образована от имени Петруник — уменьшительной формы крестильного имени Пётр. Это имя пришло на Русь вместе с христианством из греческого языка, где petros означает «камень». В народной среде имя Пётр давало множество производных форм: Петруня, Петруха, Петруша, а также Петруник. Суффикс -ик в данном случае указывает на ласкательное или уменьшительное значение, то есть Петруник — это «маленький Пётр» или «Петенька».

Модель образования фамилии стандартна для русской ономастики: к основе Петруник прибавили патронимический суффикс -ов, который указывал на принадлежность к отцу. Таким образом, Петруников буквально означает «сын Петруника» или «потомок Петруника». Фамилия относится к типичным русским фамилиям-патронимам, которые закрепились в XV–XVII веках в среде крестьян, посадских людей и служилых.

Интересная деталь: суффикс -ник в основе встречается реже, чем -н- или -ушк-, поэтому фамилия Петруников не так распространена, как Петров или Петрушин. Встречается она преимущественно в центральных и северных регионах России, где сохранились старые диалектные формы имён. По данным переписей, наибольшая концентрация носителей фиксируется в Вологодской и Костромской областях, что может указывать на локальное бытование формы Петруник в этих местах.

В ономастических справочниках фамилию Петруников обычно относят к «простым» патронимам, без дворянского или купеческого оттенка. Вероятнее всего, предки носителя были крестьянами или ремесленниками, а сама фамилия сложилась в среде, где имя Пётр было очень популярно — например, после канонизации Петра и Павла или в связи с почитанием святителя Петра, митрополита Московского.