Фамилия Петруньков — яркий пример того, как простое русское имя обрастало суффиксами, меняя «социальный статус» носителя. В её основе лежит каноническое имя Пётр (от греческого petros — «камень, скала»), но путь до современной формы был не прямолинейным.

Ключевая особенность Петрунькова — суффикс -к- в середине слова. Он указывает на то, что фамилия образована не напрямую от Петра, а от его уменьшительной или уничижительной формы — Петрунька. В русской деревне так могли называть не только ребёнка, но и взрослого крестьянина невысокого роста, младшего в семье или просто человека, к которому относились без особого почтения. Суффикс -ов в конце — стандартный патронимический (указывающий на принадлежность): «чей?» — Петруньков, то есть сын или потомок Петруньки.

Интересно, что в этой фамилии соединились две разные модели народного словообразования. Сначала имя Пётр «сжали» до Петруни (с суффиксом -ун-, который в русских говорах часто придавал оттенок ласкательности или, наоборот, ироничности), а потом добавили ещё один уменьшительный суффикс -к-. Получилась «двойная» уменьшительная форма, что для русских фамилий редкость. Сравните с более простыми вариантами: Петров (прямой патроним), Петрунин (от формы Петруня) или Петрухин (от Петруха). Петруньков стоит в этом ряду особняком — это фамилия «второго порядка», которая говорит о том, что предка звали не просто Петром, а именно Петрунькой, и это прозвище закрепилось за родом.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и центральным областям, где были распространены формы имени с суффиксом -ун- (Петруня, Мишуня, Ванюня). Сословных ограничений у неё не было: Петруньковыми могли быть и крестьяне, и мещане, и казаки. В дореволюционных метрических книгах эта фамилия встречается нечасто, что делает её более редкой и локальной по сравнению с массовыми Петровыми или Петруниными.