Фамилия Петунькина — женская форма, а мужская, Петунькин, образована по простой и типичной для русских фамилий модели: к основе добавили суффикс -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: буквально Петунькин — «чей?» — сын или потомок Петуньки. Вся разгадка фамилии — в этом уменьшительно-ласкательном имени Петунька.

Петунька — это народная, разговорная форма крестильного имени Пётр. В русской традиции имена легко ужимали, добавляя суффиксы субъективной оценки: Пётр → Петруня → Петунька. Суффикс -унь(я) и его вариант -уньк(а) придавали имени оттенок ласки, нежности, а иногда и просто бытовой фамильярности. Такие формы были распространены в крестьянской и мещанской среде, где полное имя использовали редко, а в семье звали Петунькой, Васькой, Манькой.

По сути, фамилия Петунькин — типичный «патроним» от обиходного имени. Предок носителя фамилии, скорее всего, был простым человеком, которого в округе знали как Петуньку — ласково или по-свойски. Фамилия эта не дворянская и не купеческая, а из числа тех, что закрепились за крестьянами после отмены крепостного права в XIX веке, когда массово давали фамилии по именам отцов. Географически она встречается в центральных и южных областях России, но редка — её носителей немного, что делает фамилию локальной и семейной.

Интересно, что фамилия Петунькина не имеет ничего общего с цветком петунией. Слово «петуния» пришло в русский язык из французского в XIX веке, а основа «Петунька» — исконно славянская, от имени Пётр. Созвучие случайно, и путать эти корни не стоит: перед нами чисто антропонимическая история, уходящая в народную речь, а не в ботанику.