Фамилия Пилишникова — женская форма фамилии Пилишников. Её основа — слово «пилишник», которое в русских говорах обозначало мастера по изготовлению или заточке пил. В отличие от более распространённого «пильщика» (того, кто пилит), пилишник — это именно ремесленник, работающий с инструментом: он мог ковать, править, разводить зубья пил. Такая узкая специализация встречалась в среде кузнецов-инструментальщиков, которые обслуживали плотников, лесорубов и столяров.

Модель образования фамилии — суффикс -ник, указывающий на профессию или род занятий (ср. сапожник, печник, огородник). К основе добавился патронимический суффикс -ов, типичный для русских фамилий, сформировавшихся в XVI–XVII веках. Таким образом, Пилишников — «сын пилишника» или «человек из семьи пилишника». Вариант с суффиксом -ин (Пилишкин) встречается реже и мог бы происходить от прозвища Пилишка, но в данном случае -ник явно указывает на ремесло.

Фамилия редкая, сконцентрирована преимущественно в центральных и северных областях России — там, где было развито плотницкое дело и лесозаготовки. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) она не упоминается, что подтверждает её локальный характер. Возможно, исходное прозвище Пилишник фиксировалось в писцовых книгах XVII века, но широкой известности не получило.

Интересно, что в некоторых говорах слово «пилишник» могло иметь и переносное значение — так называли въедливого, «пилящего» человека. Однако для фамилии более вероятна прямая профессиональная трактовка: предки носителей фамилии были мастерами, без которых не обходилась ни одна стройка или артель.