Фамилия Пилюгин — классический пример русской фамилии, образованной от личного прозвища. Её основа — прозвище Пилюга, которое давали предку, а уже от него, по обычной для XVI–XVII веков модели, появилась фамилия с суффиксом -ин, указывающим на принадлежность: «чей-то сын, потомок» — Пилюгин.

Точное значение прозвища Пилюга спорно, и здесь есть две основные версии. Первая возводит его к украинскому слову «пилюга» — «густая пыль». В этом случае прозвище, скорее всего, отражало неопрятность человека или, возможно, его работу, связанную с пылью, — например, мельника. Вторая версия связывает прозвище с глаголом «пиляти» — «пилить». Но у этого глагола был и переносный смысл: «пилить» кого-то — значит быть назойливым, донимать. Любопытно, что в некоторых говорах Пилюгой в насмешку называли бездарного, фальшивящего музыканта — того, кто буквально «пилил» на скрипке или другом инструменте. Так что прозвище могло указывать и на род занятий, и на особенность характера.

Заглянуть в раннюю историю фамилии помогают документы, которые приводит в своих трудах историк С. Веселовский. Он упоминает крестьянина Пилюгу в Новгороде (1545 год) и Антона Дробышева Пилюгина, помещика из Арзамаса (1576 год). Эти записи показательны: они говорят о том, что фамилия бытовала в разных слоях общества — и среди крестьян, и среди служилых людей, и что процесс её закрепления шёл уже в XVI веке.

Интересно, что ударение в фамилии чаще падает на второй слог — Пилю́гин, что типично для фамилий на -уга/-юга. Сама фамилия имеет параллели: однокоренные прозвища могли давать и другим формам, но именно Пилюга легло в основу этой конкретной фамилии. О точном месте возникновения говорить сложно — фамилии складывались постепенно, и одна и та же основа могла независимо появиться в разных регионах. Однако новгородские и арзамасские корни указывают на центральные и северные русские земли.