Фамилия Пилюков — это классический пример того, как из личного имени или прозвища выросла устойчивая родовая передача. В её основе лежит имя или прозвище Пилюк, которое затем оформилось стандартным для русских фамилий суффиксом -ов, отвечающим на вопрос «чей?»: сын Пилюка, потомок Пилюка.

Самая вероятная версия связывает имя Пилюк с крестильными именами Филимон или Филипп. В древнерусском языке не было привычной нам буквы «ф», и при заимствовании греческих имён её часто заменяли на «п» или «х». Так Филимон (от древнегреческого «любить») и Филипп («любитель лошадей») в народной среде превращались в Пилимона и Пилиппа. От этих просторечных форм и возникли уменьшительные имена вроде Пилюк, Пиля, Пилюха. Аналогичным образом появились фамилии Пилюгин, Пилюшин, Пилюков — все они звенья одной словообразовательной цепочки, где греческое «фи» перешло в славянское «пи».

Есть и вторая, менее распространённая гипотеза, которая выводит фамилию не от имени, а от прозвища. В украинском языке есть слово «пильга» — «льгота», «освобождение от соблюдения установленных законом общих правил». Согласно этой версии, прозвище Пилюк могли дать «обеленному» крестьянину, то есть освобождённому от податей и повинностей. Однако эта версия уязвима: слово «пильга» довольно редкое и узкоупотребительное, а потому вряд ли стало бы основой для массового прозвища. К тому же в русских говорах зафиксирован и глагол «пилюкать» — «пищать, играть на дудке», что тоже могло дать прозвище музыканту, но эта версия ещё более экзотична.

Если опираться на частотность и логику народной этимологии, первая версия выглядит убедительнее: Пилюков — это «сын Пилюка», а сам Пилюк — уменьшительная форма от Пилимона или Пилиппа. Такие имена-основы были широко распространены в крестьянской среде, где церковное имя быстро обрастало домашними вариантами. Фамилия не указывает на сословие или ремесло — она просто закрепляет семейное прозвище, которое могло возникнуть в любой губернии, где жили носители имени Пилимон или Пилипп.