Фамилия Пинтеев — одна из тех, где корень не лежит на поверхности. Её основа — Пинтей, а это, скорее всего, не каноническое церковное имя, а прозвище или вариант просторечного имени.

Вероятнее всего, в основе лежит греческое имя Пантелей (Пантелеймон), которое в народной речи часто сокращали и переиначивали. Пантелеймон — «всемилостивый», имя популярного святого-целителя. В русских говорах оно давало формы Пантелей, Пантеле, Пантя, а также Пинтя. От Пинти образовалось Пинтей — через суффикс -ей, характерный для уменьшительно-ласкательных имён (как Матвей, Тимофей, но в данном случае не канонический, а бытовой). Суффикс -ев в фамилии указывает на принадлежность: «сын Пинтея».

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным словом «пинтать» (толкать, пихать, а в некоторых говорах — есть понемногу или капризничать). Если существовало прозвище Пинтя или Пинтей для человека с такой манерой поведения, фамилия могла образоваться и от него. Однако первая версия, с именем Пантелеймон, выглядит более убедительной: фамилии на -еев от сокращённых имён — массовое явление.

Географически фамилия редкая. Встречается в основном в Поволжье и центральных областях России, что косвенно подтверждает её народное, а не книжное происхождение: в среде, где имя Пантелеймон было обычным, а его просторечные варианты — естественными. Социально предки Пинтеевых, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, получившими фамилию по отцу с уличным именем Пинтей.