Фамилия Пинюга звучит необычно, и за ней стоит как минимум две версии происхождения. Первая и самая правдоподобная связывает её с диалектным вятским глаголом «пинюгать», то есть «моргать, дремать». Прозвище Пинюга давали человеку, который часто и быстро моргал или был подслеповат и постоянно щурился. В переносном смысле так могли назвать зеваку или ленивого человека, который словно дремлет на ходу. Эта версия объясняет живость и меткость народной наблюдательности: внешняя черта или привычка становилась именем, которое закреплялось за родом.

Вторая версия выводит фамилию из топонима Пинюг. Так называется посёлок городского типа в Подосиновском районе Кировской области, центр Пинюгского городского поселения. Если придерживаться этой гипотезы, предок носителя фамилии был уроженцем этих мест или долго там жил, а прозвание по месту жительства со временем превратилось в фамилию. Такая модель образования фамилий от названий сёл и деревень встречается часто, особенно в северных русских говорах.

Сама форма слова указывает на древнюю модель: суффикс -юг(-а) не типичен для поздних фамилий, он встречается в прозвищах и неофициальных именованиях. Это говорит о том, что фамилия Пинюга закрепилась в крестьянской среде, где прозвища передавались по наследству, прежде чем стать официальными. Сравните с однокоренными фамилиями Пинюгин или Пинюков — они образованы от той же основы, но с более привычными суффиксами, тогда как Пинюга сохранила исходную форму прозвища.

Географическая привязка к Вятке и Кировской области усиливает первую версию: именно там глагол «пинюгать» бытовал в живой речи. Топоним Пинюг мог возникнуть от того же корня, что и прозвище, поэтому обе версии не исключают, а дополняют друг друга. В любом случае, фамилия Пинюга указывает на корни в северорусской народной среде, где слово, жест или привычка человека могли стать его именем на века.