Фамилия Пипендюков — яркий пример того, как прозвище, данное по внешности или характеру, закрепилось в родовом имени. В её основе лежит диалектное слово «пипендюк» или «пипеньдюк». В южнорусских и украинских говорах так могли называть невысокого, тщедушного или же, напротив, суетливого, несерьёзного человека. Иногда слово имело ироничный оттенок, обозначая «недотёпу» или «писклявого». Корень «пип-» родствен глаголу «пипеть» (пищать, издавать тонкий звук), что тоже отсылает к голосу или слабой комплекции.

Фамилия образована по стандартной русской модели: прозвище Пипендюк плюс притяжательный суффикс -ов, который буквально означает «сын Пипендюка» или «из семьи Пипендюка». Такая модель характерна для великорусских фамилий, оформившихся в XV–XVII веках, в основном среди крестьян и посадских людей. Суффикс -ов указывает на патроним, то есть на имя отца или главы семьи.

Географически фамилия тяготеет к югу России — Курская, Белгородская, Воронежская области, а также к восточным районам Украины (Слобожанщина). Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении: прозвище было распространено в одном говоре, но не стало общерусским. Вариантов написания немного — Пипендюков, изредка Пипиндюков, что отражает особенности произношения (чередование «е/и» в безударном положении).

Интересно, что фамилия сохранила архаичную экспрессивную окраску: в отличие от фамилий на -ин или -ский, которые могли происходить от церковных имён или географических названий, Пипендюков прямо указывает на бытовое, даже насмешливое прозвище. В крестьянской среде такие «говорящие» фамилии не считались обидными — они фиксировали характерную черту человека, по которой его узнавали в деревне. Так что предки носителя этой фамилии, скорее всего, были людьми заметными, хоть и невысокими ростом или с резковатым голосом.