Фамилия Пипена — редкий случай, когда географическая привязка, скорее всего, перевешивает все остальные версии. В отличие от распространённых «профессиональных» или «патронимических» фамилий, эта почти наверняка указывает на конкретное место, откуда родом её первый носитель.

Основа — «Пипен» — это не русское слово, а топоним. На карте Италии есть коммуна Пипена (Pipena) в провинции Больцано, но для славянского ареала куда важнее деревня Пипена в Беларуси, в Кобринском районе Брестской области. Фамилии, образованные от названий деревень или хуторов без суффикса принадлежности (-ов, -ин), — характерная черта западных регионов: Беларуси, Украины, Польши. Человек, переселившийся из Пипены, так и оставался «Пипена» — по месту выхода.

Менее вероятная, но возможная версия — прозвище от диалектного «пипка», «пипа». В южнорусских и украинских говорах «пипка» — это трубочка, мундштук, иногда — самодельный курительный прибор. Прозвище Пипена могли дать тому, кто постоянно курил трубку или изготавливал такие трубки. Однако в этом случае ожидалась бы фамилия с суффиксальным оформлением — Пипкин или Пипенко. Форма без суффикса (чистая основа) как раз и выдает топонимическое происхождение.

Словообразовательная модель проста: фамилия представляет собой застывшую форму именительного падежа. Она не склоняется по правилам притяжательных прилагательных (как Иванов или Кузнецов), а остаётся неизменной, что типично для фамилий украинского и белорусского происхождения, особенно тех, что заканчиваются на -а. В исторических документах такую фамилию могли записать и как Пипина, и как Пипена, но вариант через «е» — основной.

Если ваши предки носили фамилию Пипена, с большой долей вероятности их корни — в западной части современной Беларуси, в районе Кобрина или Бреста. Фамилия недворянская, крестьянская или мещанская, связанная с конкретным хутором или деревней, откуда род ушёл на новое место.