Фамилия Пипекина — женская форма фамилии Пипекин. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Пипека. Слово «пипека» в русских говорах имело конкретное значение: так называли неопрятного, неряшливого человека, возможно, того, кто ходит в засаленной, испачканной одежде. В словаре Владимира Даля зафиксирован глагол «пипеть» — пачкать, марать, грязнить. Отсюда и прозвище: Пипекой в народе могли прозвать нечистоплотного крестьянина или ремесленника.

Модель образования фамилии — типичная для русского Севера и центральных областей. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Пипекин — сын или потомок Пипеки. Поскольку прозвище не было редким, фамилия могла возникнуть в разных местах независимо. Географически Пипекины чаще всего встречаются в Вологодской, Архангельской и Кировской областях — регионах, где сохранилась архаичная лексика. В переписях XVII–XVIII веков подобные прозвища фиксировались среди черносошных крестьян и посадских людей.

Существует и другая, менее вероятная версия: что основа связана с церковным именем Пётр. В некоторых говорах уменьшительная форма от Пётр — Петя, Петька, а «пипека» могла быть искажённым вариантом от «Петика» (маленький Пётр). Однако для такой гипотезы нет надёжных диалектных подтверждений, и версия с прозвищем «грязнуля» выглядит убедительнее.

Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог: Пипе́кин. В разговорной речи возможны варианты, но исходное прозвище Пипе́ка имело ударное «е». Родственные фамилии — Пипеев, Пипенков, Пипкин — тоже восходят к тем же диалектным корням, но с разными суффиксами.

Таким образом, предки современных Пипекиных — люди, получившие прозвище по внешнему виду или роду занятий, связанному с грязной работой: возможно, сапожники, печники, угольщики или просто не слишком опрятные крестьяне. Никакого негативного оттенка в те времена такие прозвища не несли — они были точными и бытовыми.