Фамилия Пипеева — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а звукоподражание или диалектное слово. Скорее всего, она образована от прозвища Пипей, которое могло закрепиться за человеком с необычным голосом или манерой речи. В русских говорах «пипеть» означало «пищать, издавать тонкий звук», а «пипей» — тот, кто пипит, говорит пискляво. Такие прозвища давали по заметной особенности поведения, и фамилия закрепилась в форме притяжательного прилагательного: Пипеев — сын Пипея, а Пипеева — жена или дочь Пипеева.

Суффикс -ев указывает на русскую модель образования от основ на мягкий согласный (Пипей → Пипеев). Фамилия не могла возникнуть у крепостных крестьян центральных губерний — там прозвища редко переходили в наследственные фамилии до отмены крепостного права. Скорее всего, носители фамилии жили на севере или в Сибири, где фамилии на -ев и -ов распространялись раньше и быстрее.

Есть и другая версия: основа могла восходить к тюркскому корню, например, к слову «пип» (в некоторых тюркских языках — «свист» или «дудка»). Но это менее вероятно, так как фамилия не встречается в регионах с сильным тюркским влиянием, а суффикс -ев типичен для русской, а не татарской или башкирской ономастики.

Встречаемость фамилии крайне низкая. По открытым данным, основная масса носителей сосредоточена в Пермском крае и Кировской области — тех местах, где сохранились старые русские говоры с характерным «оканьем» и диалектной лексикой. Сравните с фамилиями Пипин, Пипкин — они образованы от того же корня, но с разными суффиксами, что подтверждает живую народную основу, а не книжное заимствование.

Таким образом, предок современных Пипеевых — человек с прозвищем Пипей, живший, вероятно, на севере или востоке европейской России. Фамилия не связана ни с дворянством, ни с духовенством — это чисто крестьянская или мещанская фамилия, возникшая из бытового наблюдения за голосом или характером.