Фамилия Пиперкова — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано не с русским, а с южнославянским или западнославянским словом. В славянских языках «пипер» означает «перец». В болгарском, сербском, македонском и словенском это основное название пряности. Соответственно, прозвище Пипер могли дать либо торговцу перцем, либо человеку с острым, «перчёным» характером, либо тому, кто любил эту приправу. В русском языке слово «перец» звучит иначе, поэтому фамилия почти не встречается в центральных и северных областях России, но могла появиться у южных славян, переселившихся в Российскую империю, или у потомков болгарских и сербских колонистов, которых селили в Новороссии и Бессарабии в XVIII–XIX веках.

Суффикс -ов- в основе Пиперков (женская форма Пиперкова) указывает на патронимическую модель: сын Пипера, потомок человека с таким прозвищем. Это типичный славянский способ образования фамилий, но в данном случае суффикс наслоился на иноязычный корень. Если бы фамилия была исконно русской, мы бы ожидали форму «Перцов» или «Перцев». Вариант Пиперков — прямой маркер южнославянского или западнославянского происхождения.

Вторая, менее вероятная версия — связь с немецкой фамилией Pieper или Piper (от лат. piper — «перец»). Немецкие колонисты, приезжавшие в Россию в XVIII веке, иногда русифицировали свои фамилии, добавляя окончание -ов. Так мог возникнуть вариант Пиперов, а от него — женская форма Пиперкова. Однако в таком случае исходное значение остаётся тем же: «перечный» человек.

Географически фамилия тяготеет к югу России и Украины, а также к Балканам. Встречается она редко, что делает её ярким примером «говорящей» фамилии, где корень не стёрся и не утратил связи с обиходным словом.