Фамилия Пипеев — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет привычного суффикса -ов (-ев), который указывает на патроним (сын такого-то). Перед нами суффикс -еев, характерный для фамилий, образованных от основ на -ей: Пипей → Пипеев. То есть в основе лежит прозвище или некалендарное имя Пипей.

Корень «пип-» в русских говорах многозначен. В северных и сибирских диалектах «пипой» называли маленькую птичку, птенца, а также невысокого, щуплого человека. В псковских и тверских говорах «пипеть» означало «пищать», «издавать тонкий звук», так что Пипеем могли прозвать обладателя писклявого голоса или суетливого, беспокойного человека. Есть и другая, менее вероятная версия: связь с тюркским «пип» (трубка, дудка) — тогда прозвище могло относиться к музыканту-дудочнику или ремесленнику, делавшему духовые инструменты.

География фамилии узкая. Основные носители встречаются в Поволжье и на Урале, реже — в центральных областях. Это говорит о том, что фамилия могла закрепиться в среде крестьян или мещан, а не дворянства: в официальных документах XVIII–XIX веков такие «говорящие» прозвища часто становились фамилиями в непривилегированных сословиях.

Фамилия Пипеев не имеет отношения к иностранным заимствованиям или библейским именам. Её корни — в живой народной речи, в метком прозвище, данном по внешности, характеру или занятию. Если ваш предок носил её, он, скорее всего, был человеком невысокого роста, с тонким голосом или имел дело с птицами — либо просто получил «птичье» прозвище от соседей.