Фамилия Пипинов — редкий случай, когда прозвищная основа почти наверняка звукоподражательная, а не уменьшительная или заимствованная. Вопреки возможной догадке, она не связана с именем Пимен (от него пошли Пименовы и Пименовские) и не имеет отношения к французскому слову «пипи» — в русской среде такая версия анахронична и натянута.

Корень «пип-» в русских говорах восходит к глаголу «пипнуть» — издать короткий высокий звук, пискнуть. Отсюда «пипа» или «пипка» — в разных диалектах так называли дудку, свистульку, а иногда и самого человека, который говорит тонко, быстро или невнятно, напоминает писклявого птенца. Суффикс -ин- указывает на принадлежность: Пипинов — сын или потомок того, кого прозвали Пипой. Модель образования типична для русских фамилий от прозвищ, оканчивающихся на гласный (ср. Шишкин, Пупин, Гогин).

Есть и вторая, менее распространённая версия: «пипа» в южнорусских и украинских говорах могла означать курительную трубку или набалдашник трости. Тогда прозвище Пипа получал мастер, делавший такие вещи, либо человек, который постоянно курил трубку. Однако звукоподражательная версия надёжнее, потому что для трубки чаще использовали слово «люлька», а «пипа» в этом значении встречается реже.

Фамилия Пипинов фиксируется в основном в центральных и северных областях России — в архивах Вологодской, Костромской и Нижегородской губерний XIX века встречаются крестьяне и мещане с этой фамилией. За пределами страны она почти не известна, что говорит о её локальном происхождении и относительно позднем закреплении (скорее всего, не раньше XVII–XVIII веков).

В современном русском языке фамилия звучит необычно из-за повторяющегося слога «пи-пи», но ничего комичного или неблагозвучного в ней нет — это просто редкий образец того, как прозвище, данное за особенность речи или занятие, стало родовым именем.