Фамилия Пищекова — женская форма фамилии Пищеков. Её основа — прозвище или нецерковное имя Пищек. Слово «пищек» в русских говорах имело два основных значения, и оба ведут к разным, но одинаково вероятным версиям происхождения.

Первая версия отсылает к ремеслу или роду занятий. В диалектах «пищеком» называли того, кто делал пищали — старинные духовые музыкальные инструменты или фитильные ружья. В этом случае предок носителя фамилии мог быть оружейником, мастером по изготовлению пищалей, либо музыкантом-дудочником. Вторая версия связывает прозвище с глаголом «пищать» — так могли прозвать человека с тонким, высоким голосом или ребёнка, который много плакал. В пользу этой гипотезы говорит то, что подобные прозвища по физиологической особенности (Пискун, Пискля) были широко распространены на Руси и часто становились фамилиями.

Суффикс -ов в мужской форме Пищеков указывает на типичную русскую патронимическую модель: «чей?» — Пищеков, то есть сын или потомок Пищека. Фамилия могла закрепиться в центральных и южнорусских областях, где слово «пищек» бытовало в активной лексике. Встречаются однокоренные фамилии — Пищалин, Пищалов, Пищаев, но Пищеков стоит особняком из-за редкого суффикса -ек в основе, что может говорить о прозвищной форме с уменьшительным или уничижительным оттенком (как «человек» — «человечек»).

Поскольку фамилия не относится к числу дворянских и не фиксируется в родословных книгах, её носители, скорее всего, происходят из крестьянской или ремесленной среды. В современных справочниках фамилия встречается нечасто, что делает её локально ценной — она почти наверняка привязана к конкретной местности, где жил родоначальник.