Фамилия Пищулин происходит от древнерусского мирского имени или прозвища Пищаль. Так в старину могли называть человека с тонким, писклявым голосом — от глагола «пищать». Эта версия считается основной, и она логично объясняет появление необычной основы.

Имя Пищаль не было редкостью в допетровской Руси. В документах середины XV века упоминается Пищаль Иван Родионович Квашнин, родоначальник известных дворянских родов Квашниных и Самсоновых. Это раннее свидетельство показывает, что прозвище бытовало в среде служилого сословия задолго до того, как фамилии закрепились окончательно.

Словообразовательная модель здесь классическая для русских фамилий: к основе Пищаль добавили суффикс принадлежности -ин, указывающий на родство. Форма Пищулин — это результат исторического чередования: звук «л» в корне смягчился и перешёл в «л’», что отразилось на написании через «у» после мягкого согласного. Буквально фамилия означала «сын Пищали» или «человек из рода Пищаля».

От той же основы образовались и другие фамилии: Пищалин, Пищалев, Пищальников. Последняя указывает на возможную связь с оружием — пищалью, но для фамилии Пищулин версия с голосом выглядит убедительнее: суффикс -ин редко присоединялся к названиям предметов, а вот к личным прозвищам — постоянно.

Точное место и время возникновения фамилии Пищулин назвать сложно: процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, и крестьянские семьи получали их позже, чем дворянские. Но можно уверенно говорить, что фамилия сохранила память о прозвище, которое дали предку не за профессию и не за внешность, а за особенность голоса — деталь, которая спустя пять веков всё ещё отличает эту фамилию от десятков других, образованных от имён и ремёсел.