Фамилия Пишняков образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: от прозвища или имени с помощью суффикса принадлежности -ов. Основа здесь — Пишняк. Этот суффикс указывает на то, что родоначальник фамилии был потомком человека по прозвищу Пишняк: «чей? — Пишняков сын», со временем закрепившееся как фамильное имя.

Корень «пиш-» сразу наводит на мысль о глаголе «писать». Однако в русских говорах слово «пишняк» имело несколько значений, и не все они связаны с грамотой. В архангельских и вологодских диалектах «пишняком» называли пест, деревянную толкучку для разминания чего-либо, например глины или картофеля. Есть и другое, более известное значение — в тех же северных говорах «пишняк» означает лом или пешню, инструмент для долбления льда и мерзлой земли. Прозвище Пишняк могли дать крепкому, упрямому человеку, который «пробивает» себе дорогу, либо мастеру, работавшему с таким инструментом — плотнику, землекопу или рыбаку.

Версия о происхождении от глагола «писать» тоже имеет право на существование, но менее вероятна. В этом случае прозвище могло относиться к писарю, грамотею или, наоборот, к человеку, который любил «писать» в переносном смысле — расписывать, приукрашивать. Однако в крестьянской среде, где фамилии по большей части и возникали, профессиональные писцы встречались редко, а вот прозвища по орудиям труда — постоянно.

Географически фамилия Пишняков тяготеет к северу и северо-востоку России. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении. Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Пишунов, Пищаев, Пищагин, — Пишняков стоит особняком из-за редкого форманта «-як», который в русских фамилиях часто придаёт основе оттенок принадлежности к чему-то грубоватому, бытовому (сравните: Рыжак, Глушняк, Костяк). Таким образом, наиболее правдоподобно, что первый Пишняков был человеком с Севера, который либо работал пешней, либо сам был «крепким, как пешня».