Фамилия Пишнютин — редкий случай, когда корень слова тускнеет от времени, а суффикс даёт больше подсказок, чем основа. Сразу бросается в глаза суффикс -ин: он указывает на принадлежность, отвечая на вопрос «чей?». Пишнютин — это «сын Пишнюта» или «человек из семьи Пишнюта». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на твёрдый согласный.

Сложнее с самим прозвищем Пишнюта. В говорах русского языка слово «пишня» или «пишняк» (с ударением на первый слог) означало «толкач», «пест» — деревянный инструмент для толчения чего-либо в ступе. В диалектах Вологодской и Архангельской губерний «пишня» — это ещё и лом, которым долбят лёд. Человек, получивший прозвище Пишнюта, мог быть плотником, изготавливающим такие орудия, или просто крепким, «пробивным» мужиком, которого сравнивали с этим инструментом.

Есть и другая, менее очевидная версия. В псковских и тверских говорах «пишнять» означало «пищать», «издавать тонкий звук». Тогда Пишнюта — прозвище человека с высоким голосом или того, кто постоянно ноет, «пищит». Однако первая версия — с инструментом — выглядит правдоподобнее: прозвища по ремеслу или физической силе в русской среде встречались гораздо чаще, чем прозвища по голосовым особенностям.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным областям России. В переписных книгах XVII века можно встретить крестьян Пишнютиных в вотчинах под Суздалем и Шуей. Это были не дворяне, а тяглые люди — крестьяне или посадские. Фамилия осталась локальной: она почти не встречается за пределами исторических Владимирской и Костромской губерний, что говорит о давнем закреплении за одним родом.

Интересно, что ударение в фамилии плавающее: часть носителей произносит Пишню́тин (от прозвища Пишню́та), часть — Пишнюти́н, что встречается реже и может указывать на южнорусский диалектный перенос ударения. Однокоренных фамилий в русском языке практически нет — «Пишнюк», «Пишня» — единичны, что делает Пишнютина ярким примером фамилии, образованной от редкого, почти исчезнувшего диалектного слова.