Фамилия Писковацков — редкий случай, когда географический корень спрятан за неочевидным суффиксом. В основе лежит не «писк» или «пискун», а название населённого пункта Писковац (или Писковацы). Такие топонимы встречаются в сербских, хорватских и словенских землях — например, село Писковац в Сербии или Писковацы в Хорватии. Формант -ц- в середине фамилии (Писковац-) указывает на южнославянское происхождение основы, а вот окончание -ов — уже чисто русское, принесённое переселенцами.

Фамилия образована по модели «топоним + -ов»: житель Писковаца получал прозвище Писковац, а его потомки на Руси стали Писковацковыми. Суффикс -к- в данном случае не уменьшительный, а посессивный, характерный для западно- и южнославянских фамилий: он показывает принадлежность к месту. Таким образом, предок носителя фамилии, скорее всего, был выходцем из Балканского региона, который осел в русских землях (возможно, в среде казачества или служилых людей) и адаптировал свою фамилию под местную словообразовательную норму.

Версия о происхождении от прозвища Писковац (от «писк» — человек с тонким голосом или плакса) менее вероятна: суффикс -овац в русском языке не типичен для прозвищ, зато обычен для славянских фамилий, образованных от названий мест. Других распространённых гипотез нет — фамилия настолько редкая, что её носители почти не встречаются за пределами юга России и, возможно, украинских земель. В дореволюционных списках она не фиксируется, что говорит о позднем оформлении (XIX — начало XX века) или о малочисленности рода.