Фамилия Плахотников образована от прозвища Плахотник. Оно может происходить от слова «плахата», которое имеет несколько значений: в курских говорах - «юбка, понева», в тверских – «золототканый платок», в новороссиских – «шерстяной платок, оборачиваемый женщинами вокруг пояса». Таким образом, прозвище Плахотник мог получить швец или торговец женской одеждой. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Плахотник, со временем получил фамилию Плахотников.