Фамилия Плахотников напрямую связана с прозвищем Плахотник, которое в старину давали человеку по роду его занятий. Вопреки возможной догадке о связи с земледелием или плотницким делом, корень здесь иной — слово «плахата». В курских говорах так называли юбку или поневу, в тверских — золототканый платок, а в новороссийских — шерстяной платок, который женщины оборачивали вокруг пояса. Учитывая такое значение, прозвище Плахотник мог получить либо швец, либо торговец женской одеждой и головными уборами.

Модель образования фамилии проста и типична для восточнославянской традиции: к основе Плахотник добавили патронимический суффикс -ов, что буквально означает «сын Плахотника». Так потомки человека с этим прозвищем со временем закрепили за собой фамилию Плахотниковы. Подобный путь — от прозвища по профессии к фамилии — прошли многие русские роды, и здесь мы видим редкий случай, когда ремесло предка было связано не с орудиями труда, а с текстилем и женским гардеробом.

Интересно, что слово «плахата» не было общерусским, а бытовало в южных и западных диалектах. Это дает основание предполагать, что первоначальный очаг фамилии находился в Курской губернии или в Новороссии, куда переселенцы принесли свои говоры. Впрочем, точную географию распространения фамилии проследить сложно, так как переписи фиксировали уже готовые фамилии, а не исходные прозвища. Тем не менее диалектная привязка корня — та деталь, которая выделяет эту фамилию среди прочих «ремесленных» фамилий вроде Кузнецовых или Плотниковых, чьи основы понятны без словарей.