Фамилия Плаксий образована от мирского имени Плакса, которое восходит к слову «плакать». Так родители нередко называли крикливого, беспокойного ребенка — не в укор, а скорее как оберег или просто по-доброму, по-домашнему. В старину подобные имена не считались обидными: они защищали человека от сглаза и злых духов, которым было «неинтересно» забирать того, кого уже назвали неблагозвучно.

Мирские имена на Руси жили бок о бок с крестильными и часто полностью вытесняли их в обиходе. Плакса — одно из таких прозвищ, закреплявшихся за человеком на всю жизнь. От него пошли фамилии Плаксин, Плаксов, а форма Плаксий — более редкая, книжная, с типичным для фамилий окончанием на -ий, которое придает ей вид прилагательного.

В исторических документах следы этого имени прослеживаются с XVI века. С. Б. Веселовский в своих трудах упоминает Плаксу и Плаксиных под 1564 годом в Новгороде, а также Плаксеня, крестьянина, в том же году в Олонце. Чуть позже, в 1597 году, в Арзамасе жил крестьянин Осин Плаксин. В 1625 году упоминается стольник Василий Никонович Плакса Бутурлин — здесь Плакса уже выступает как полуимя-полупрозвище в среде знати, что говорит о широком распространении такого именования среди разных сословий.

Суффикс -ий в фамилии Плаксий выделяет её на фоне более частотных Плаксиных. Если Плаксин отвечает на вопрос «чей?» и означает «сын Плаксы», то Плаксий — это скорее адъективная форма, застывшая в именительном падеже. Такие фамилии встречаются реже и часто отражают украинское или белорусское влияние, либо более позднее оформление фамилии по церковнославянскому образцу. Впрочем, для русского слуха она звучит непривычно, и не исключено, что в некоторых случаях это результат искажения при переписи или адаптации иноязычной формы.

Носители фамилии Плаксий сегодня встречаются в основном в южнорусских областях и на Украине, что косвенно подтверждает версию о её происхождении от той же основы «плакать», но с местными особенностями словообразования. Сам корень прозрачен и не вызывает споров, в отличие от многих фамилий с затемненной этимологией. Перед нами редкий случай, когда значение имени предка читается без словаря: предок был плаксивым младенцем, а прозвище пережило века и стало родовым знаком.