Фамилия Плискунова — женская форма, а мужская, Плискунов, образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: от прозвища или имени, оканчивающегося на твёрдый согласный, с помощью суффикса -ов. Значит, предок носителя фамилии носил прозвище Плискун.

В основе этого прозвища лежит глагол «плискать» — диалектное слово, которое в разных областях России означало «плескать», «хлопать», «бить по воде» или «шлёпать». В словарях русских говоров встречается и существительное «плиск» — всплеск, плеск. Таким образом, Плискун — это человек, который «плискает», то есть плещется, шумит водой, возможно, рыбак, бурлак или просто любитель побарахтаться. Однако есть и другая, более прозаичная версия: в некоторых говорах «плискать» значило «сплетничать» или «болтать вздор». Тогда Плискун — говорун, пустомеля.

География фамилии подсказывает, что корни её — в центральных и северо-западных регионах России. Фамилия встречается в Тверской, Псковской, Новгородской областях. Именно там диалектное слово «плискать» было особенно употребительно, и именно там, в зоне древнего расселения новгородских словен, закрепилась такая модель прозвищ с суффиксом -ун, обозначающих деятеля (ср.: крикун, говорун, скакун).

Интересно, что фамилия Плискунов не связана с каким-либо известным тюркским или финно-угорским корнем — это исконно русское образование от живого глагола, который сейчас почти вышел из обихода. В отличие от фамилий, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), Плискунов — типичная «мирская» фамилия, данная по характерной черте или занятию человека. Сословных перегородок у неё не было: Плискуновыми могли быть и крестьяне, и посадские люди, и даже служилые — прозвище давалось независимо от происхождения.

Написание фамилии устойчивое, без вариантов (Плискунова, а не Плисканова), что говорит о поздней фиксации в документах, когда произношение уже устоялось. В дореволюционных метрических книгах встречается и форма Плискунова, и Плискунова — с ударением, скорее всего, на последнем слоге, как и у большинства фамилий на -ов.