Фамилия Подаксенов — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано со скандинавским или немецким именем, а не с русским словом. Вопреки интуиции, здесь нет ничего общего ни с «подакцизным товаром», ни с «осётром» (осётр по-тюркски, а не по-славянски). Разбор показывает, что корень «-аксен-» восходит к имени Оксе (Axel, Aksel) — скандинавской форме библейского Авессалом (отец мира). В русской среде это имя пришло через прибалтийских немцев или шведов: в документах XVII–XVIII веков фиксировали формы Аксен, Оксен, Аксён.

Суффикс «-ов» указывает на стандартную модель русской фамилии: «чей?» — сын Подаксена. Но приставка «Под-» здесь необычна. Скорее всего, она не уменьшительная (как в Подберёзовик), а указывает на подчинённое положение или место: «живущий при Акcене», «работник у Акcена». В говорах «под» могло означать «помощник» или «младший»: Поддьяконов, Подгорнов. То есть Подаксен — это, вероятно, не самостоятельное имя, а прозвище человека, который служил у некоего Акcена (немца-мастера, пастора или управляющего) либо жил на его подворье.

Географически фамилия тяготеет к северо-западу России: Санкт-Петербургская, Псковская, Новгородская губернии, а также к Олонецкой и Вологодской областям, где в XIX веке селились выходцы из Швеции и Финляндии. Встречаются варианты написания: Подаксенов, реже Подаксёнов (с буквой «ё»). Однокоренная, но более редкая фамилия — Аксёнов (от имени Аксён) — распространена шире, а Подаксенов остаётся локальной, почти камерной.

Сословно предки Подаксеновых чаще всего были государственными крестьянами или мещанами. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. В метрических книгах XIX века носители встречаются среди мастеровых на заводах (например, в Петрозаводске) и среди причта — псаломщиков и дьячков. Последнее объяснимо: в церковной среде нередко давали «под-фамилии» по старшему священнику или по имени настоятеля. Так что Подаксенов мог быть сыном или помощником священника Аксена.