Основой фамилии Подоксёнов послужило мирское имя Подосён. Фамилия Подоксёнов, вероятно, представляет собой искажённую форму фамилии Подосёнов, которая восходит к языческому имени Подосён. Такое имя могли дать ребёнку, родившемуся в предосеннее время («под осень»), то есть в конце августа – начале сентября. Это имя было довольно популярно на Руси. Веселовского записаны: Подосен, крестьянин (первая половина XVI века, Новгород), Подосен Иванович Лазарев (1526 год, Кашин), Гридя и Михаил Григорьевичи Подосеновы (середина XV века, Старица). По другой версии, форма Подосён представляет собой прозвище, родственное слову «подосёнок». Подосёнком в старину называли предосенний рыбный промысел. Таким образом, прозвище Подосён могло указывать на род деятельности предка. Со временем под влиянием имени Оксён (Аксён) — просторечной формы имени Авксентий — именование Подосён стало звучать как Подоксён. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Подосён, со временем получил фамилию Подоксёнов.