Фамилия Подоксин — один из тех случаев, когда корень слова обманчиво прост, а значение уходит в бытовые детали XVI–XVII веков. В основе лежит слово «подок» или «подока». В диалектах русского языка так называли подол, нижний край одежды, а также неглубокий овраг, ложбину или низкое сырое место. Соответственно, прозвище Подокса могли дать человеку, который жил в низине, у подножия холма, или тому, кто носил длинную, почти до земли одежду — например, страннику или монаху в долгополой рясе.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Подоксин буквально означает «сын Подоксы» или «человек из рода Подоксы». Такая модель типична для северных и центральных регионов России, где фамилии на -ин образовывались от прозвищ, оканчивающихся на -а/-я. В отличие от фамилий на -ов, которые чаще давали по отцу с твёрдой основой, -ин чаще закреплялся за прозвищами, описывающими внешность или место жительства.

Интересно, что фамилия Подоксин встречается крайне редко и имеет чёткую географическую привязку к Вологодской и Архангельской областям. В переписных книгах Русского Севера XVII века не раз упоминаются крестьяне с прозвищем Подокса, жившие в низких, подтопляемых деревнях. Это подтверждает версию о топографическом происхождении: предки носителей фамилии, скорее всего, были государственными или монастырскими крестьянами, обрабатывавшими землю у рек и оврагов.

Есть и альтернативная, менее убедительная гипотеза, связывающая фамилию с профессиональным термином «подоконник» или «подок» (подставка под что-то). Однако она не находит поддержки в диалектных словарях и не объясняет устойчивого суффикса -ин. Версия с географическим прозвищем остаётся основной именно из-за регионального бытования фамилии и её созвучия с местными говорами.

В современных базах данных Подоксины встречаются единично, преимущественно на Вологодчине. Фамилия не получила широкого распространения и не попала в дворянские родословные книги — это чисто крестьянская, народная фамилия, сохранившая в себе память о скромном, но точном прозвище предка.