Фамилия Подалинский — редкий случай, где географическая привязка почти наверняка перевешивает прозвищную. Строение фамилии прозрачное: суффикс -ский указывает на дворянский или польский способ образования от названия местности, а основа Подалин- выводится из топонима. Скорее всего, перед нами выходец из населённого пункта с названием Подалины, Подалин или Подалино. Такие названия встречаются в Белоруссии и на западе России, например, деревня Подалино есть в Смоленской области. Если отталкиваться от корня «даль», то Подалинск — это селение, расположенное «под далью», то есть за дальним лесом или у отдалённой границы. В польском языке «dal» означает «даль», и приставка «po-» могла обозначать положение за этим рубежом.

Менее вероятная, но допустимая версия — происхождение от прозвища Подаля, которое давали человеку, жившему «подале», то есть на отшибе, в стороне от основной деревни. В таком случае фамилия прошла бы через форму Подалин — сын Подали — и затем получила дворянский суффикс -ский по модели, характерной для польской шляхты и русских служилых людей. Однако приставка «по-» в прозвищах встречается редко, и для неё нет устойчивой традиции в русской ономастике, поэтому топонимическая версия выглядит надёжнее.

В отличие от массовых фамилий на -ов/-ев, Подалинский — показатель фамильной истории, завязанной на конкретное поместье или усадьбу. Носители такой фамилии, скорее всего, принадлежали к мелкопоместному дворянству или однодворцам — особой категории служилых людей, живших на южных и западных окраинах государства. Учитывая редкость фамилии, её обладатели могли происходить из одного родового гнезда, и генеалогические поиски здесь обещают быть более результативными, чем по распространённым фамилиям: сузить круг поиска до одного-двух уездов вполне реально.