Фамилия Подболотная — один из тех случаев, когда географический объект напрямую «прописался» в родовом имени, но не в виде топонима, а через указание на место жительства. Основа здесь прозрачна: «под болотом». Однако важно понимать, что в русской ономастике «под» в фамилиях редко означало «под землей» или «в низине». Чаще всего это указание на близость к объекту: человек, живший у болота, за болотом или на краю болотистой местности. То есть предок носителя фамилии был «тем, кто живет подле болота».

Фамилия образована по типичной для южных и западных регионов России модели: прилагательное с окончанием -ая. В центральных и северных губерниях чаще встречается форма Подболотнов или Подболотный (с окончанием -ый). Вариант Подболотная — это, как правило, женская форма, которая закрепилась в качестве фамилии. Такое часто происходило, если в документах фиксировали женщину (вдову или дочь) как главу семьи, или если фамилия изначально была «уличной» и передавалась по материнской линии.

Менее вероятная, но не исключённая версия — прозвищное происхождение. В некоторых говорах «болотом» могли называть не только топь, но и нечто вязкое, нечистое или медлительное. Тогда «Подболотный» — человек, который «под болотом», то есть втянутый в неприятную историю, или, наоборот, тот, кто умеет ладить с нечистой силой, слывущей обитательницей болот. Однако эта версия слабее: прозвища с предлогом «под» в значении «находящийся рядом» встречаются в сотни раз чаще, чем метафорические.

Географически фамилия привязана к зонам с обилием болот и торфяников: северо-запад России (Новгородская, Псковская области), а также Полесье (Брянская область, Беларусь). В этих краях «болотные» фамилии — Подболотный, Заболотный, Болотников — не редкость, и они почти всегда указывают на реальное место жительства, а не на род занятий. Сословно носителями чаще всего были крестьяне или однодворцы, получившие фамилию в ходе переписей XIX века.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Заболотный, Приболотный, Наболотный) показывает, что Подболотная — самая «близкая» к объекту: «под» означает непосредственное соседство, в то время как «за» — нахождение за болотом, а «при» — у самого края. Таким образом, предок Подболотных жил вплотную к болоту, возможно, на его окраине, где земля была чуть суше и пригодна для строительства.