Фамилия Подчернина принадлежит к распространённому в северных и центральных областях России типу фамилий на -ин. Такие фамилии обычно образовывались от основ, оканчивающихся на -а или -я, и указывали на принадлежность человеку или его роду: Подчернин — значит «сын (или потомок) Подчерны». Но что скрывается за самим прозвищем Подчерна?

Здесь возможны два основных пути. Первый и самый прямой — прозвище по внешности или характеру. «Подчерный» мог означать «несколько черный», «смуглый», «темноволосый» или «хмурый». Приставка под- в русских прозвищах часто придавала значение неполноты или приблизительности признака: не совсем черный, а как бы подчерный. Второй, более редкий вариант — связь с профессиональным или бытовым термином. В некоторых говорах «подчернь» называли нижний, темный слой чего-либо, например, подпалину на шкуре или темную подкладку. Тогда прозвище могло закрепиться за портным, скорняком или человеком, работавшим с темным материалом.

С точки зрения словообразования фамилия Подчернина — женская форма от мужской Подчернин. В русской традиции такие фамилии не склонялись по родам до XIX века, но позже закрепились как неизменяемые для женщин. Окончание -а здесь не указывает на пол в современном смысле, а является историческим окончанием притяжательного прилагательного: «чья?» — Подчернина.

Географически фамилия встречается редко, что говорит о её локальном происхождении. Наиболее вероятный ареал — северо-запад России: Новгородская, Псковская или Вологодская области, где приставка под- в прозвищах была особенно активна. В этих краях «черный» цвет часто связывали с крестьянским сословием (черносошные крестьяне), но прозвище могло относиться и к цвету волос, и к характеру.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Чернов, Чернышов, Черняев — показывает, что Подчернин стоит особняком. Если Чернов — прямая отсылка к цвету, то Подчернин несёт оттенок уменьшительности или неполноты признака. Это редкий случай, когда приставка меняет смысл корня, делая фамилию не просто «черной», а «чуть черной» или «подобной черному». Такая нюансировка типична для русских прозвищ, где каждая морфема работала на точность описания.

В дореволюционных источниках фамилия не фиксируется среди дворянства или купечества, что указывает на её крестьянское или мещанское происхождение. Носители Подчернины, скорее всего, были государственными или помещичьими крестьянами, и фамилия закрепилась за их потомками после отмены крепостного права в 1861 году, когда крестьянам массово давали фамилии по прозвищам глав семей.