Фамилия Подерня почти наверняка произошла от прозвища, а не от крестильного имени. Основа здесь — глагол «драть» («сдирать, отдирать, стаскивать, срывать») с приставкой по-. Такая словообразовательная модель типична для русских и украинских прозвищ: она указывала на характерное действие, занятие или манеру человека.

Скорее всего, Подерня относилась к «профессиональным» именованиям, которые содержали прямую подсказку о роде занятий основателя фамилии. В этом случае прозвище могло закрепиться за тем, кто занимался сдиранием лыка — коры липы. В старину лыко шло на плетение лаптей, коробов и кузовков, и такой промысел был распространён повсеместно в лесных регионах. Менее вероятно, но тоже возможно, что Подерней называли человека, который распахивал землю, поднимал целину, то есть буквально «драл» её под пашню.

Существует и другая, менее очевидная версия, которая уводит нас в украинскую лексику. Её сторонники связывают прозвище с глаголом «подеренчати» — в буквальном смысле «изредка дребезжать». Если принять эту гипотезу, то Подерней могли окрестить обладателя глухого, низкого голоса, который звучал отрывисто и с дребезжанием. Эта версия правдоподобна для южнорусских и украинских говоров, но уступает первой по распространённости: промысловые прозвища встречались чаще, чем прозвища по голосу.

Сама фамилия образована без типичного для русских фамилий суффикса -ов или -ин, что говорит о её позднем, скорее всего, украинском или южнорусском происхождении. В этих регионах прозвища нередко переходили в фамилии в неизменной форме. Поэтому Подерня — это не «сын Подерни», а сам Подерня, и такое именование могло закрепиться за целым родом. Сегодня фамилия встречается редко, что типично для прозвищ, которые не стали массовыми, но сохранили память о конкретном занятии или особенности предка.