Фамилия Подгайский, скорее всего, восходит к топониму Подгай. Такое название носит село Млыновского района Ровенской области Украины, а также несколько населенных пунктов в Белоруссии. Кроме того, существует сельский округ Подгае в Гмине Оконек в Польше. Все эти названия образованы от общеславянского слова «гай», которое означает «дуброва, роща, чернолесье; небольшой отъемный лиственный, не хвойный лес, особенно в низменных местах, в лугах», «остров, отъемный, чистый лесок в кустовых зарослях» или «отдельная камышовая топь, плавня или кустистый кочкарник». Таким образом, можно предположить, что основатель рода Подгайских родился в одном из этих мест или являлся владельцем имений.