Фамилия Подкалюхина — женская форма фамилии Подкалюхин. В основе, скорее всего, лежит прозвище, связанное с глаголом «калякать» (говорить, болтать). Приставка «под-» могла указывать на подчиненное положение или нахождение рядом: «подкаляка» — человек, который поддакивает, подговаривает, либо тот, кто тихо, «под нос» ворчит или разговаривает сам с собой. Такие прозвища по речевой привычке давали очень часто: Подкалюха — это не просто болтун, а кто-то с конкретной манерой вести беседу.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Подкалюхин — сын или потомок Подкалюхи. По модели это типичная «патронимическая» фамилия, образованная от прозвища с окончанием -а/-я. Встречается она редко, что косвенно подтверждает её происхождение от конкретного, не самого распространенного прозвища, а не от канонического имени.

Географически фамилия тяготеет к южным и центральным областям России, где диалектное слово «калякать» было в ходу. В XIX веке носители фамилии записаны преимущественно как крестьяне и мещане. Есть вероятность, что прозвище могло быть ироничным: «подкалюхой» в некоторых говорах называли льстеца или угодника, который «подкалывает» под чужое мнение.

Однокоренные фамилии — Калюхин, Калякин, Подкалякин — образуют небольшое гнездо, где корень «кал-» (от «каляка») не имеет ничего общего с нечистотами, а восходит к древнему звукоподражательному «кал-» (звук речи). Спорная версия, связывающая фамилию с «каликой» (странником, нищим), маловероятна из-за приставки «под-» и огласовки «о» вместо «и».

Фамилия Подкалюхина, таким образом, несет в себе бытовой портрет предка: человека, который не просто любил поговорить, а делал это с определенной интонацией или ролью — поддакивая, подговаривая или ворча себе под нос.