Фамилия Подня — редкий случай, когда модель образования неочевидна на первый взгляд. Она не вписывается в стандартные типы на -ов, -ин или -ский, а значит, перед нами либо прозвищная фамилия, застывшая в начальной форме, либо результат усечения более длинного варианта.

Скорее всего, основа фамилии — прозвище Подня. В русских говорах слово «подня» имело несколько значений. В одних регионах так называли подол, нижний край одежды, в других — низкое, подгорное место. Прозвище мог получить человек невысокого роста, носивший длинную одежду, или тот, кто жил в низине. Менее вероятно, но возможно, что «подня» — форма от глагола «поднять»: так могли прозвать расторопного, услужливого человека, который всегда готов помочь поднять что-то тяжелое.

Другая версия — фамилия могла возникнуть из уменьшительной формы имени Подня, например, от канонического имени Полиевкт или просторечного Подол. Но это предположение слабее: в ономастических справочниках нет устойчивой традиции связывать Подню с конкретным крестильным именем.

Географически фамилия встречается спорадически, без ярко выраженного гнезда. Это типично для прозвищных фамилий, которые не привязаны к одному региону, а возникали в разных местах независимо. В отличие от фамилий на -их/-ых (Подних, Подных), которые закрепились на Русском Севере, форма Подня осталась в именительном падеже единственного числа — так часто записывали прозвища в документах XVII–XVIII веков, когда фамилии только формировались. Сословная принадлежность носителей, скорее всего, была крестьянской или посадской: сложная суффиксация вроде -ский обычно указывает на дворянское или духовное происхождение, а здесь её нет.