Фамилия Подобенко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, которая в XVII–XVIII веках стала главным маркером «сыновства» или принадлежности к роду. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые часто означали «чей?» (чей сын? — Петров, Иванов), украинское -енко буквально переводится как «маленький», «сын» или «ученик» (Подобенко — сын Подоба). Такая модель была особенно распространена на Левобережной и Слободской Украине, в казачьей среде, и позже закрепилась как фамилия у потомков крестьян и мещан.

Основа фамилии — прозвище Подоба. В украинском и южнорусских говорах слово «подоба» означало «стать», «вид», «образ» или «подобие». Человека могли прозвать Подобой за внешнее сходство с кем-то («весь в отца», «подобный деду»), за красивую и статную фигуру (отсюда «подобный» — видный, ладный) или, наоборот, иронично — за нелепый вид. Встречается и другая версия: от глагола «подобати» — «нравиться», «быть угодным»; в таком случае Подоба — тот, кто всем угождает или сам ко всем подходит.

В русских переписных книгах XVII века имя-прозвище Подоба фиксируется у казаков и посадских людей. В «Ономастиконе» С. Б. Веселовского упоминается, например, крестьянин Подоба в Новгородской земле, но это скорее исключение: основная зона бытования — Украина и юг России. Фамилия Подобенко встречается в Черниговской, Полтавской, Киевской губерниях, а также в Краснодарском крае и Ростовской области, куда переселялись малороссийские казаки.

Родственные фамилии — Подобин, Подобедов, Подобный. Но Подобенко стоит особняком: суффикс -енко однозначно указывает на украинское происхождение и на то, что предок носителя фамилии был, скорее всего, из казачьей или крестьянской среды, а не из дворян. Дворянские фамилии в этой модели редки. Если верить реестрам Войска Запорожского, прозвище Подоба могло закрепиться за казаком, который выделялся статью или характером, а его дети уже стали Подобенками.