Фамилия Подолячина образована от прозвища Подоляка — так на юго-западе Руси называли выходца с Подолья, то есть из исторической области Подолье (ныне в основном Винницкая, Хмельницкая и часть Одесской области Украины). Основа прозвища — «дол», то есть низменность, долина. Подоляками в XIX веке нередко именовали переселенцев с Подолья в другие губернии, и прозвище закреплялось за человеком, указывая на его географическое происхождение.

Суффикс -ин в окончании фамилии — типичный русский патронимический формант, который отвечает на вопрос «чей?». Подолячина буквально значит «жена или дочь Подоляки». В русской традиции фамилии на -ин часто давали по отцу: если главу семьи звали Подоляка, то его жену и детей в документах записывали как Подолячины. Со временем эта форма закрепилась за всем родом, независимо от пола.

В отличие от более распространённых Подоляк, Подольский или Подолянов, фамилия Подолячина встречается реже и имеет ярко выраженный северный или центральный русский оттенок. Она характерна для регионов, куда в XVII–XIX веках шло переселение с Украины: Курская, Воронежская, Тамбовская губернии. Там подоляками называли не столько уроженцев Подолья, сколько вообще «хохлов» или переселенцев с юга, и прозвище могло стать фамилией без прямой географической привязки.

Иногда основу видят иначе: от слова «подол» в значении «нижняя часть одежды» или «подножие горы». Но в ономастике версия с Подольем считается основной, поскольку суффикс -як (-ак) в русских прозвищах традиционно образует названия жителей местности (ср. поляк, сибиряк, туляк). Фамилия Подолячина — живое свидетельство того, как в фамилии может сохраниться память о целой исторической области, даже если её носители давно покинули родные края.