Фамилия Подонин — один из тех случаев, когда внешне прозрачная основа таит в себе несколько разных, но одинаково возможных историй. Если разбирать её по составу, то перед нами типичная русская модель: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), а значит, в основе лежит прозвище или имя Подоня.

Самая прямая и правдоподобная версия выводит прозвище из диалектного слова «подон» или «подонок». В русских говорах (особенно в южных и центральных областях) «подоном» называли подонок — невысокий сосуд, род кадки или ушата, в котором что-то парили, солили или держали молоко. Прозвище могли дать бондарю, который такие кадки делал, или человеку коренастому, широкому в плечах, похожему на приземистую бочку. Это значение фиксируется в словарях народных говоров, и оно гораздо бытовее, чем современное бранное слово «подонок», которое в старом значении не несло оскорбления.

Вторая версия — уменьшительная форма от канонического имени Ипполит. В народной речи имя Ипполит часто сокращали до Полит, а далее могли появиться формы Подоля, Подоня (с приставным «по-» или через перестановку звуков). Фамилии, образованные от таких обиходных вариантов, — обычное дело: Политов, Политин, Подолин. Подонин в этом ряду — редкий, но логичный вариант.

Менее вероятна, но возможна связь с рекой Подон (так в народе называли Дон, то есть «по Дону» — придонский житель), но для фамилии такое объяснение слишком книжное. Скорее всего, Подонин — это фамилия человека, которого в деревне знали как Подоню: либо по ремеслу (бондарь), либо по внешности («кадка»), либо по домашнему имени из церковного Ипполит.

Географически фамилия встречается рассеянно, без явного «гнезда» в одном регионе, что подтверждает её прозвищное происхождение: она могла возникнуть независимо в разных местах. Сословно — почти наверняка крестьянская или ремесленная среда, без дворянских корней.