Фамилия Подохин — один из тех случаев, когда прозвище, лёгшее в основу, звучит неблагозвучно для современного уха, но в прошлом не имело отрицательной окраски. Вопреки возможным ассоциациям с глаголом «подохнуть», корень здесь иной.

Словообразовательная модель указывает на типичную русскую фамилию с суффиксом -ин. Этот суффикс присоединяли к основам, оканчивающимся на -а или -я. Значит, в основе лежит прозвище Подоха или имя Подоха. В старину на Руси было распространено нецерковное имя Подоха, которое фиксируется в исторических документах. Например, в новгородских и псковских грамотах XV–XVI веков встречаются крестьяне и посадские люди с таким именем. Вероятнее всего, оно образовано от глагола «подохнуть» в значении «передохнуть, отдохнуть, перевести дух». То есть Подохой могли назвать медлительного, неторопливого человека, который часто останавливался передохнуть, или, наоборот, того, кто давал другим передышку.

Есть и менее очевидная версия. В некоторых северных говорах «подоха» означало «поплавок» или «подводное бревно». Тогда прозвище мог получить рыбак или плотогон. Однако эта гипотеза слабее: документальных подтверждений такого значения в антропонимии почти нет, а имя Подоха в писцовых книгах встречается регулярно.

Фамилия Подохин — относительно редкая. Она не попала в число массовых дворянских или купеческих фамилий, а бытовала в основном в крестьянской и мещанской среде центральных и северных губерний России. По данным переписей XIX века, наибольшая концентрация носителей отмечалась в Вологодской и Костромской губерниях. Это косвенно подтверждает северное происхождение корня: именно там нецерковные имена сохранялись дольше всего.

В современном русском языке фамилия не претерпела изменений в написании. Вариант с ударением на второй слог — Подо́хин — считается нормативным. Встречается также народное ударение на первый слог — По́дохин, но оно локально и не отражено в официальных справочниках.