Фамилия Подпольнова — женская форма от Подпольнов, и её разговорная или диалектная природа бросается в глаза сразу. В отличие от «книжных» фамилий на -ский, здесь работает просторечный суффикс -ов, который в русской ономастике чаще всего указывает на происхождение от прозвища или профессии отца. Основа — «подпол», то есть пространство под полом, подвал, погреб. В старину подпол служил не только для хранения припасов, но и как укрытие в случае опасности. Соответственно, прозвище Подпол — или, что вероятнее, Подпольный — могли дать тому, кто постоянно держался в тени, прятался, вёл скрытный образ жизни, либо тому, кто работал в подполье: выкапывал, чистил, ладил погреба.

Версия с ремеслом кажется менее натянутой. Прозвище «Подпольный» могло закрепиться за крестьянином, который специализировался на устройстве подклетов или на хранении урожая в подвалах. В северных и центральных губерниях России, где деревянные избы ставили на высокий подклет, эта работа была востребована. Однако есть и более тёмный оттенок: в языке XIX века слово «подпольный» прочно ассоциировалось с тайным, запрещённым, нелегальным. Не исключено, что предок получил такое прозвище за уклонение от податей или за связь с беглыми — в русских говорах «подпольщиком» называли того, кто скрывается от властей.

Суффикс -ов (в женском варианте -ова) типичен для фамилий, образованных от прозвищ с мягкой основой: Подпольн-ой → Подпольн-ов. По модели это фамилия недворянская, скорее крестьянская или мещанская. Встречается она преимущественно в Поволжье и на юге России, хотя точных статистических данных по дореволюционному распределению нет. В советское время фамилия могла получить и вторичное осмысление — как отсылка к «подпольной» революционной работе, но это уже более поздняя и надуманная трактовка.

Единственная необычная деталь: ударение в фамилии плавающее. В большинстве говоров оно падает на второй слог — Подпóльнов, что соответствует ударению в слове «подпол». Но в некоторых семьях, особенно в южнорусских регионах, сохраняется ударение на последний слог — Подпольнóв, что сближает её с типичными «украинизированными» фамилиями на -ов от усечённых основ. Эта вариативность — лишнее свидетельство того, что фамилия бытовала в устной, а не письменной среде, и её форма не была закреплена раз и навсегда.