Фамилия Подубная — женская форма от Подубный, и её происхождение прозрачнее, чем у многих других фамилий. Основа — «дуб», а приставка «по-» в русских фамилиях обычно указывает на расположение: «тот, кто живёт у дуба» или «тот, кто родом из-под дуба». Речь идёт не о конкретном дереве, а о месте — селении Подубье, Подубово или урочище Подубное. Такие названия давали деревням, стоявшим у дубовой рощи или на опушке дубравы. Человек, переехавший оттуда, получал прозвище Подубный, которое затем закреплялось за его потомками.

Модель образования характерна для восточнославянских фамилий: прилагательное на -ный, которое со временем стало фамилией. Суффикс -н- здесь топонимический, а не уменьшительный. В отличие от фамилий вроде Дубов или Дубин, где корень тот же, Подубная несёт пространственный оттенок: не «сын дуба», а «житель поддубья». Это роднит её с фамилиями Подгорный, Подлесный, Полевой — все они отвечали на вопрос «откуда?».

Географически фамилия тяготеет к южным и центральным областям России, где дуб — распространённая порода. Встречается на Украине и в Беларуси, но с ударением, которое может падать на второй слог: Поду́бная. В русском языке ударение чаще ставят на первый: По́дубная, что тоже допустимо и зависит от местной традиции.

В дореволюционных списках фамилия не была дворянской — скорее крестьянской или мещанской. Прозвище могли дать человеку, жившему в избе у старого дуба, или тому, кто держал пасеку в дубраве. Второй вариант менее вероятен, но возможен: «подубный» как «тот, кто под дубом» — пасечник.

Споров вокруг корня почти нет. Версия о связи с украинским «подубний» (покорный, подчинённый) — народная этимология, лингвистически слабая: слово «подубний» в значении «покорный» вторично и не имеет отношения к географическим фамилиям. Основной смысл остаётся пространственным.