Фамилия Подынин — одна из тех, где на первый взгляд всё прозрачно, а при ближайшем рассмотрении начинаются вопросы. Сразу бросается в глаза, что это нестандартная модель: суффикс -ин обычно крепится к основе на -а или -я (Иван — Иванов, но Кузьма — Кузьмин). Здесь же основа — Подын-, и это заставляет искать корень не в имени, а в прозвище или нарицательном слове.

Самая прямая версия отсылает к диалектному слову «подыня». В южнорусских и украинских говорах так называли тыкву, а в переносном смысле — полного, неуклюжего или медлительного человека. Фамилия Подынин могла означать «сын Подыни», то есть потомок человека с таким прозвищем. Модель образования здесь та же, что у фамилий Баранин, Бородин или Козин: прозвище на -а плюс притяжательный суффикс.

Вторая версия, менее очевидная, связана с профессиональным прозвищем. В некоторых регионах подыней называли человека, который «подымает» — поднимает тяжести, работает грузчиком или занимается подъёмом чего-либо на стройке. Но эта гипотеза слабее: глагольные прозвища обычно давали в форме повелительного наклонения (Подымай, Подними) или через суффикс -л- (Подымало, Подымщик). «Подыня» как производное от глагола звучит искусственно.

Стоит отметить, что фамилия очень редкая. Она не встречается в массовых списках дворянских родов, не попала в классические труды Унбегауна или Веселовского — скорее всего, это крестьянская или мещанская фамилия, закрепившаяся в одной-двух местностях. Географически её следы ведут на юг России и в восточную Украину, где слово «подыня» было в ходу. В XIX веке носители фамилии могли жить в Воронежской, Курской или Харьковской губерниях.

Интересная деталь: ударение в фамилии плавающее. Если исходить из прозвища Подыня (с ударением на ы), то логично произносить Поды́нин. Но под влиянием слова «дыня» многие носители смещают ударение на последний слог — Подыни́н. Встречаются оба варианта, и это нормально для редких фамилий с неочевидной этимологией.