Фамилия Поганенков образована от личного имени или прозвища Поганя, что сразу ставит её в ряд древнейших пластов русских фамилий, возникших из мирских имён. Вопреки сегодняшнему резко отрицательному значению слова, в старину имя Поганя не было ругательством, а служило оберегом. Родители, надеясь уберечь сына от сглаза и злых сил, нарекали его Поганей, то есть «дурным, пакостным, гадким», чтобы настоящая красота и здоровье остались незамеченными для нечистой силы. Такой приём — называть ребёнка именем с отрицательным смыслом — был широко распространён у славян, и фамилия Поганенков сохранила память об этой языческой по своему происхождению традиции.

Существует и вторая, менее очевидная гипотеза, которая выводит основу фамилии не от прилагательного «поганый», а от диалектного существительного «погон». В разных говорах это слово означало «пространство для выпаса скота», «слабая водка», «плот для сплава» или «поздние всходы хлеба». Если принять эту версию, то прозвище Поганя следует отнести к «профессиональным» именованиям: предок мог быть пастухом, винокуром, плотовщиком или земледельцем. Однако первая версия выглядит правдоподобнее: она опирается на широко известную модель обережных имён, тогда как диалектные значения «погона» встречаются реже и не дают устойчивой связи с прозвищем.

Словообразовательная модель фамилии проста и прозрачна: к основе Поганя добавился суффикс -енк-, указывающий на принадлежность к роду, а затем патронимический суффикс -ов. Форма Поганенков буквально означает «сын Поганенка», то есть внук или потомок Погани. Такой тип фамилий с суффиксом -енко/-енков характерен для украинского и южнорусского влияния, что может косвенно указывать на регион возникновения фамилии — возможно, земли, где смешивались русские и украинские говоры. Впрочем, точное место и время появления фамилии назвать сложно: процесс формирования фамилий растянулся на несколько столетий, и письменные источники по такой редкой фамилии, как Поганенковы, скудны.

Стоит добавить, что однокоренные фамилии — Поганов, Поганин, Поганкин — встречаются в русских писцовых книгах и переписях с XVI–XVII веков, что подтверждает древность самого имени Поганя. Сама фамилия Поганенков, несмотря на кажущуюся неблагозвучность для современного уха, — памятник славянской культуры, в котором зашифрованы и народные верования, и бытовые реалии, и особенности диалектной речи. Носителям фамилии можно лишь посоветовать не смущаться её звучания: за ней стоит не брань, а древний обычай защиты ребёнка от злых сил.