Фамилия Поганева ставит перед исследователем неожиданный вопрос: что делать с корнем «поган-»? В современном русском языке слово «поганый» — грубое ругательство, означающее «отвратительный, скверный». Но в древности семантика была иной, и именно от неё, скорее всего, пошла фамилия.

Исходное древнерусское слово «поганый» заимствовано из латыни (paganus — «сельский, языческий») и первоначально означало «нехристианин, язычник». На Руси так называли представителей других вероисповеданий, особенно кочевников-степняков. Прозвище Поганый могли дать человеку, который вёл себя «по-язычески»: не соблюдал посты, не ходил в церковь, или же просто внешне или по поведению напоминал чужака. Иногда это прозвище закреплялось за бывшими язычниками, принявшими крещение, — как своеобразное напоминание о прошлом.

Фамилия образована по типичной притяжательной модели: основа «Поган-» плюс суффикс -ев (женская форма — -ева), указывающий на принадлежность: «сын Поганого». В русской антропонимии такие «неблагозвучные» на первый взгляд фамилии не редкость. Прозвища в ту эпоху были функциональны, а не оскорбительны: Поганым могли назвать ребёнка, родившегося в семье, где долго не было детей (обережное имя), или человека, который «отбился» от общины, жил обособленно.

Географически фамилия наиболее вероятна для северных и центральных регионов России, где сохранились старые прозвищные формы. Встречаются и однокоренные варианты — Поганов, Поганин. Разница только в суффиксе: -ин указывает на основу на -а/-я (Поганя), а -ов/-ев — на основу на согласный. В любом случае, носитель фамилии Поганева — потомок человека, которого в XVI–XVII веках окружающие выделили по этому признаку, не вкладывая в него современного негативного смысла.