Фамилия Поганкина — женская форма фамилии Поганкин, и её происхождение напрямую связано с прозвищем или именем Поганка. Вопреки интуитивному сближению с современным значением слова «поганый» (плохой, мерзкий), у этого корня была иная смысловая нагрузка в древнерусском языке.

Слово «поганый» произошло от латинского «paganus» — языческий, деревенский. В Древней Руси так называли сначала язычников, а затем — иноверцев, особенно католиков. Однако в народной среде прозвище Поганка могли дать не за вероисповедные отличия, а по другим, более бытовым причинам. Например, так могли называть ребёнка, родившегося в «поганый» день (считавшийся неблагоприятным), или как охранительное имя — чтобы злые духи не позарились на дитя, посчитав его «нечистым» и недостойным внимания. Такая практика (давать детям имена с отрицательным значением для обмана нечистой силы) была широко распространена у славян.

Суффикс -ин в фамилии Поганкин указывает на принадлежность: «чей?» — сын Поганки. Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ, оканчивающихся на -а или -я. Географически фамилия встречается в центральных регионах России, но не является массовой. Стоит отличать её от фамилий, образованных от названия гриба поганка (хотя и там корень тот же — от слова «поганый», то есть несъедобный, но это уже вторичное, более позднее значение).

Версия о том, что Поганкины произошли от священников или монахов, которые носили имя Поганка в качестве «мирского» имени (второго, нецерковного), тоже имеет право на существование, но документально подтверждается редко. Таким образом, человек с фамилией Поганкина с большой вероятностью происходит от предка, которого в XV–XVII веках прозвали Поганкой — скорее всего, в обережном смысле, а не для оскорбления.