Основой фамилии Поганенков послужило мирское имя Поганя. Мирское имя Поганя образовано от прилагательного «поганый» - «дурной, пакостный, гадкий». В данном случае, надеясь иметь красивого, здорового и доброго мальчика, родители назвали его Поганей. По другой гипотезе, в основе фамилии Поганенков лежит не мирское имя, а прозвище Поганя, этимологически связанное с диалектным существительным «погон», имеющим несколько значений: «пространство для выпаса скота», «слабая водка», «плот для сплава», «поздние всходы, побеги хлеба». В таком случае прозвище Поганя, предположительно, относится к числу «профессиональных» именований, содержащих указание на род деятельности основателя фамилии: он мог быть пастухом, винокуром, моряком или земледельцем. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Поганя, со временем получил фамилию Поганенков.